Die Blockflöte wird vorwiegend aus Holz hergestellt. Holz ist lebendes Material und bedarf deshalb der besonderen Pflege. Es sollte niemals zu grosser Hitze und zu starker Kälte ausgesetzt werden. Vor allem zu grosse Hitze kann dem Instrument bleibenden Schaden zufügen. Es sollte deshalb im Sommer niemals im geparkten Fahrzeug aufbewahrt werden.

Das Labium ist der empfindlichste Teil der Blockflöte. Seine scharfe Kante darf auf keinen Fall beschädigt werden, da sonst die Tonqualität erheblich leidet.

Der Kernspalt muss unbedingt, da er die Luft direkt auf das Labium lenken soll, frei von Verschmutzungen bleiben. Notfalls kann er mit einem Papierstreifen gereinigt werden.

Ein Heiserwerden ist in angemessenen Grenzen, besonders aber nach längerem Spiel, nichts Aussergewöhnliches, und ausserdem abhängig von der Spielweise des Flötisten, sowie der Temperatur und der Luftfeuchtigkeit des Raumes. Eine Wetterempfindlichkeit des Instrumentes ist keine Seltenheit. Auch die spezielle Atemwärme des Spielers ist für die Bildung von Kondeswasser nicht zu unterschätzen.

Die Innenseite des Flötenrohres hat einen grossen Einfluss auf den Klang des Instrumentes, denn hier wirken sich Fasern und Staub besonders ungünstig auf den Klang aus. Deshalb sollte die Flöte nach dem Spiel immer gründlich ausgewischt werden. Hierfür sollte man einen Stab mit Öse für ein Tuch benutzen, da dieses besser säubert und trocknet als die handelsüblichen Blockflötenwischer.

Das Ölen nicht imprägnierter Blockflöten sollte in regelmässigen Abständen vorgenommen werden. Entsprechendes Öl ist im Musikalienhandel und beim Instrumentenmacher erhältlich. Vor dem ersten Ölen sollte man sich Rat bei einem Fachmann einholen, da diese Arbeit besondere Vorsichtsmassnahmen erforderlich machen.

Die Zapfen sind meist mit einem Kork versehen und sollten bei Bedarf eingefettet werden. Dieses wird in der Regel beim Kauf des Instrumentes mitgeliefert.

Abschliessend sei noch erwähnt, dass Reparaturen mit Ausnahme der Korkerneuerung, ausschliesslich in einer Fachwerkstatt vorgenommen werden sollten.