Holz wurde zu allen Zeiten im Flötenbau bevorzugt eingesetzt. Wenn auch der Ton zwischen dem Atemstrom des Mundes und der Luft im Flötenrohr ensteht, so ist doch der Zustand der Innenseite der Flöte von grossem Einfluss auf den Klang des Instrumentes.

Das Material sollte von Holzarten sein, die sich leicht bohren lassen, ein schöne Farbe haben, sowie eine schöne Politur annehmen, damit der schöne Klang des Instrumentes auch für die Augen sichtbar wird.

Das meistbenutzte Holz war in früheren Zeiten Buchsbaum, was aber auch daran lag, das Edelhölzer wie Ebenholz, Jacaranda, Palisander, Cocobolo, Olive und Rosenholz sehr kostbar waren und somit nicht für jedermann erschwinglich. (Pflaumenholz wurde z.B. schwarz gebeizt und dadurch zu [Kunst-]Ebenholz geadelt.) Edelhölzer haben einen brillanten und strahlenden Klang und klingen obertonreich. Es lassen sich deshalb auch holzspezifische Klangunterschiede erkennen.

Etwas sanfter im Klang sind Birne, Pflaume und Ahorn. Da diese eine geringere Dichte als Edelhölzer besitzen, werden sie an den Innenwänden leichter rauh. Aus diesem Grund werden sie vom Hersteller häufig mit Paraffin imprägniert.

Zur Verarbeitung am besten geeignet ist astarmes und eng, möglichst parallel gemasertes Holz.

Flöten mit stark faserigen Innenwänden weisen von vornherein weniger gute Bedingungen für einen edlen Klang auf als Instrumente mit glatten Innenwänden.

Harte Hölzer lassen sich zwar schwerer einblasen, behalten aber über lange Zeit ihren schönen Klang, während weiche Hölzer schneller eingeblasen sind, aber auch schneller "verblasen" sein können.

Blockflöten aus Kunststoff hingegen sind zwar sehr strapazierfähig, eignen sich aber nur als "Einstiegsinstrumente" für Anfänger.